SMK Muhammadiyah Kudus berdiri sejak tahun 1993 beralamatkan di Jl. Kudus-Jepara KM.3, Prambatan Lor, Kec. Kaliwungu, Kabupaten Kudus 59361, Jawa Tengah, Telp. (0291) 441992, Fax. (0291) 4248191, E_Mail : smkmuh_kudus@yahoo.com, Website : www.smkmuhkudus.net dengan Nomor Statistik Sekolah (NSS) : 322031901004. Awalnya sekolah membuka dua Kompetensi Keahlian yaitu Kompetensi Keahlian Teknik Mekanik Otomotif dan Kompetensi Keahlian Teknik Elektronika Komunikasi, dengan Surat Persetujuan Pendirian/ Penyelenggaraan Sekolah Swasta Nomor : 539/I.03/U/III/93 tanggal 22 Maret 1993 dari Kepala Kantor Wilayah Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Propinsi Jawa Tengah atas nama Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI.

Jenjang akreditasi ”TERDAFTAR” diperoleh pada tanggal 24 Maret 1997 dan  jenjang akreditasi ”DIAKUI” pada tanggal 24 Maret 1998 dari Direktur Sekolah Swasta, Direktorat Pendidikan Dasar dan Menengah, Jakarta. Dalam mengikuti perkembangan Kurikulum Edisi 1994 ke Edisi 1999, maka Kompetensi Keahlian Teknik Elektronika Komunikasi berubah menjadi Teknik Audio Video dengan Surat Keterangan Nomor : 486/I03.08/MN/2000 tanggal 12 Oktober 2000 dari Kepala Bidang Dikmenjur, Kanwil Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Propinsi Jawa Tengah.

Tahun Pelajaran 2005/2006 SMK Muhammadiyah Kudus membuka Kompetensi Keahlian Teknik Komputer dan Jaringan (TKJ) dan telah memperoleh ijin pada tanggal 2 Juli 2005 dari Dinas Pendidikan Kabupaten Kudus. Tahun Pelajaran 2007/2008 SMK Muhammadiyah Kudus membuka Kompetensi Keahlian Multimedia dan telah memperoleh ijin pada tanggal 12 Juni 2007 dari Dinas Pendidikan, Pemuda dan Olahraga Kabupaten Kudus. Serta pada tahun pelajaran 2007/2008 SMK Muhammadiyah Kudus membuka Kompetensi Keahlian Multimedia dan telah memperoleh ijin pada tanggal 26 April 2010 dari Dinas Pendidikan, Pemuda dan Olahraga Kabupaten Kudus.

Berdasar Penetapan   dari Badan Akreditasi Nasional Sekolah/Madrasah (BAN S/M) tanggal 11 Nopember 2009 SMK Muhammadiyah Kudus memperoleh peringkat akreditasi ’A’ dengan Nilai Akhir = 90 untuk Kompetensi Keahlian Teknik Audio Video, peringkat akreditasi ’A’ dengan nilai akhir = 88 untuk Kompetensi Keahlian Teknik Kendaraan Ringan dan peringkat akreditasi ’A’ dengan nilai akhir = 91 untuk Kompetensi Keahlian Teknik Komputer dan Jaringan.

SMK Muhammadiyah Kudus juga telah menjalin hubungan kerjasama dengan institusi pasangan kerja dari Dunia Usaha dan Dunia Industri guna mewadahi Praktik Kerja Industri siswa. Lulusan SMK Muhammadiyah Kudus dipersiapkan sebagai tenaga kerja tingkat menengah di bidang teknik yang cerdas, maju, kompetitif dan berakhlak mulia.

Dengan fasilitas gedung berlantai dua, ruang kelas, laboratorium, fasilitas penunjang pembelajaran  yang memadai, serta didukung tenaga guru dan karyawan  yang berdedikasi tinggi. SMK Muhammadiyah Kudus siap menghadapi segala tantangan dan persaingan yang semakin ketat dan kompetitif.

Dengan kepemimpinan yang memiliki kapabilitas tinggi serta didukung oleh semangat  kerja keras dari semua Sumber Daya Manusia yang ada di dalamnya, SMK Muhammadiyah Kudus pada tahun 2004 dipercaya sebagai Koordinator Data Entry Pemilu Legislatif dan Presiden Kabupaten Kudus serta Koordinator Monitoring dan Evaluasi (Monev) Broad Base Education (BBS) Life Skill (LS) Kabupaten Kudus. Mulai tahun 2005 SMK Muhammadiyah Kudus ditunjuk sebagai Koordinator School Mapping (Pendataan Sekolah) Kabupaten Kudus dan sebagai Pusat Information and Communication Technology (ICT Center) Kabupaten Kudus.

Bekerja sama dengan Pusat Pengembangan Penataran Guru Teknologi (PPPGT/VEDC) Malang, pada tanggal 12 Juli 2005 SMK Muhammadiyah Kudus ditunjuk sebagai Tempat Uji Kompetensi Lokal (TUKL) Ketrampilan Komputer dan Pengelolaan Informasi (KKPI) sehingga mempunyai hak untuk melaksanakan diklat KKPI dan sertifikasi KKPI untuk jenjang Instruktur/Guru dan siswa yang ada di dalam wilayah Kabupaten Kudus. Sertifikat Tempat Uji Kompetensi Telematika dengan bekerja sama dengan Lembaga Sertifikasi Profesi Telematika dengan kode TUK : C59361015. Juga sebagai Akademi Lokal Java Education Network Indonesia (JENI) dengan surat nomor : 068/55/JCE/2008.

Mulai tahun pelajaran 2006/2007, SMK Muhammadiyah Kudus ditetapkan sebagai SMK yang berpotensi  untuk dikembangkan menjadi SMK Bertaraf Nasional berdasar surat dari Direktur Pembinaan Sekolah Menengah Kejuruan Nomor : 2973/C5.4/MN/2006 tanggal 19 Oktober 2006. Dan mulai tahun pelajaran 2007/2008, SMK Muhammadiyah Kudus ditetapkan sebagai Rintisan Sekolah Bertaraf Internasional (RSBI) berdasar Surat Keputusan Direktur Pembinaan SMK nomor : 3425b/C5.3/KEP/KU/ 2007 tanggal 23 Juli 2007 sampai dengan sekarang tahun pelajaran 2010/2011.

Dalam kegiatan pemelajarannya untuk meningkatkan kemampuan siswa berbahasa Inggris, maka sekolah melakukan penambahan jam belajar mata diklat Conversation serta TOEIC untuk kelas III, agar lulusannya mampu menghadapi persaingan pangsa kerja yang semakin kompetitif. Dengan bekerja sama dengan American Indonesian Exchange Foundation (AMINEF), SMK Muhammadiyah Kudus mendatangkan tenaga sukarela asing dalam Kompetensi English Teaching Assistanship (ETA) untuk tahun 2009/2010 yaitu Mr. Kalada Nyeng Nemieboka dan Tahun 2010/2010 yaitu Mr. Christian N. Desrosiers untuk membantu mengembangkan kemampuan Bahasa Inggris.